後窪聚落遺址地處遼東半島黃河沿岸北部的濱海平原上，隸屬東港市馬家店鎮三家子村後窪屯。後窪屯屯北地勢低窪，屯東是一片高地，高地北端距屯500米處有一較平坦臺地。臺地由中部開始向北分成兩部分，形如人字，遺址集中分佈在臺地的中部和西北部。

遺址現存南北長170米，東西寬100米，面積為1.7萬平方米，揭露面積為1 785.5平方米。地層自上而下分四層堆積，文化內涵依出土文物可分為後窪下層文化和後窪上層文化，經14C測定，下層文化距今六千年，上層文化距今五千年。

後窪下層文化的房址分佈較密集，共發掘房址三十一座，其中方形大房址五座，圓形小房址二十六座。在大房址四周分佈著許多小房址，並有互相疊壓現象。房址均為半地穴式，存高一般為10～20釐米，最深的達40～50釐米，室內有燒灰土層和墊土層。在十四座房址的中部或一側發現有用石塊砌成的方形、長方形、圓形灶址。除石灶外，有的室內有篝火痕跡。一般房址沒有發現門的痕跡，只在F24和F33兩座大房址的東南部發現有短門道。房址一般以生土為壁，在F1、F6、F24的一側或兩側下部有兩層台。房址牆壁四周有較淺的柱洞，直徑和深度均在10～20釐米之間。較特殊的是，F33的室內中部和F6的室內靠近四壁處有柱洞。現舉F24為例介紹。F24平面為圓角方形，半地穴式，房址南北長8.3米，東西寬7.3米，牆壁殘高0.42～0.45米。周壁有七個柱洞，東、南、北壁下有兩層台。門道開在東面，呈斜坡狀，長1.95米，寬1.2～1.4米，高0.42～0.45米。室內東側距門道約1米處有一石砌灶址，用扁平長條形石板立砌而成，東西長1.18米，南北寬0.9米，高出地表0.27米。灶內有厚15釐米的紅燒土和燒灰層，房址內有墊土層。

後窪上層文化的房址共發掘十二座，大多是圓角方形半地穴式。按其規格不同可分大、中、小三種。大房址五座，長8米，寬6米；中房址四座，長6～7米，寬5米左右；小房址三座，長、寬約3～4米。上層房址一般都較大，佈局亦較分散，室內四周均有柱洞，室中心有對稱柱洞四個。房址內有火塘和篝火燒烤的遺跡，居住面有燒灰層和墊土層。

F10是一座大房址，東壁稍長略有弧度，西壁稍短較直，平面略呈梯形。南北長7.9米，東西寬6.8米，壁殘高0.5米。四壁有柱洞十二個，每壁四個，正中有柱洞四個，分佈均勻，呈網格狀。室內有厚17～20釐米的燒灰層，靠近四壁鋪墊黃土。