小珠山聚落遺址位於長海縣廣鹿島中部、吳家村西的小珠山東坡，海拔20余米。遺址南北長100米，東西寬50米，按地層及出土文物將其分為上層、中層和下層，均屬新石器時代。下層因發掘面積小，未發現明顯的房址痕跡，中層發現有居住面、柱洞等，現以F1為例說明。

F1為一圓角方形半地穴式建築，西邊距地表深1.65米，南邊距地表深1.05～1.5米。四壁大部已遭破壞，僅存西北角一段，黃土壁保存較好，長1米，高0.2米。地面普遍鋪厚5～10釐米的黃土作為墊土，居住面為厚5釐米的紅燒土和灰色硬面。西北角發現有南北長1.3米、東西寬1.1米、厚約0.1米的紅燒土硬面，可能是灶址。墊土以下，西部是山石基岩，東部是貝殼層。房址四周地面上有柱洞十四個，直徑為10～18米，深4～32釐米。房址內還發現有刻紋陶片和彩陶片等。