清真東大寺位於濟寧市內老運河西岸，始建於明代。

清真寺由序寺(包括石闕、大門、邦克樓、南北講堂)、禮拜殿、望月樓和後門等幾個部分組成。序寺曾被毀，現在除邦克樓外已經全部按原樣修復。寺的最東端緊臨運河處為一石闕，系用漢白玉石雕成，三間四柱，柱為八角形，兩側有抱鼓石，上端有石雕、雀替及額枋。兩中柱柱頭之上各冠以八角攢尖頂亭子一座，亭下有台座。石闕的石雕圖案刻工精細，風格中西兼備，別有異趣。

石闕的西面為清真寺正門(東大門)，面闊三間，單簷歇山頂，上覆黃琉璃瓦；簷下有一斗三升斗栱，各間均施兩朵；梁枋施彩繪；正面明間兩柱柱身雕有蟠龍，雕工精細，姿態生動。

進大門後，院落中間原有邦克樓，現尚未修復。

禮拜殿由前殿、中殿、後殿三部分組成。前殿面闊五間20.8米，進深8.4米，歇山卷棚頂，上覆紫灰色琉璃瓦，中嵌有三個菱形圖案，中間的圖案用黃琉璃瓦組成，兩邊的用綠琉璃瓦；出簷深遠，簷下無斗栱；室內梁架彩畫以藍白二色為主，色彩素雅。

中殿面闊七間26.6米，進深21.8米，單簷歇山頂，灰琉璃瓦屋頂中有用黃琉璃瓦組成的菱形圖案，簷下施雙下昂五踩五鋪作斗栱。室內梁架為徹上露明造，平面採用減柱造，減去了正脊下八根與中間的六根柱子，使室內空間高而寬闊。

後殿面闊三間13.4米，進深9米，兩側山牆開窗，西牆正中有“米哈拉布”。後殿外觀為上覆黃琉璃瓦的三重簷攢尖頂，以寶頂收結，中層有腰簷平座；簷下均有斗栱，底層為一斗三升，中層為單下昂三踩四鋪作，上層為雙下昂五踩五鋪作；柱子為紅色，與黃屋頂相映成輝。

從禮拜殿向西便為望月樓，面闊三間9.6米，進深8.4米，重簷歇山頂；兩層簷下均置一斗三升斗栱；底層做成穿堂式；屋頂有用綠琉璃瓦嵌于黃琉璃瓦中形成的菱形圖案。

從望月樓再向西便是寺的後門，單簷歇山頂，上覆黃琉璃瓦，簷下施雙下昂五踩五鋪作斗栱。

濟甯清真東大寺佈局嚴謹，軸線分明，屋頂形制各異，高低錯落，起伏有致。