瞿曇寺位於樂都縣南約10公里的馬圈溝口。據史料和碑誌記載:

寺院建于明初,明洪武二十五年(1392年)由明朝撥款在樂都建寺,朱元璋賜寺名“瞿曇寺”,並賜禦匾。之後,歷代皇室佈施佛器,

賜土地,

不斷擴建,

明末寺僧達五百餘人。

瞿曇寺背山臨河,

建在前低後高的坡地上,

寺周築有高牆,

形如一座方形土堡,占地1.5公頃,建築面積約1萬平方米。總體按漢族建築傳統的中軸線佈置,在軸線左右再建廊廡,形成廊院形式。在軸線上從前至後的建築是：山門、金剛殿、瞿曇寺殿、寶光殿及隆國殿等。山門至金剛殿之間,軸線左右對稱地各佈置一座禦碑亭,其外左右再用圍牆與山門的左右牆相接,形成一個院落。金剛殿至隆國殿之間是一個大廊院,在主軸線上佈置重重殿堂,主軸外的左右用回廊與金剛殿左右及隆國殿左右兩側回廊相接。左右兩側回廊在瞿曇寺殿部位,分別為三世佛殿和護法神殿,其樓上為小鐘樓和小鼓樓;在隆國殿部位,左右分別為大鐘樓和大鼓樓。所有回廊除大、小鐘鼓樓部分外均為一層,共七十八間,後壁滿繪以佛教為題材的明代壁畫,是研究佛教和美術史的珍貴資料。寺院地勢前低後高,中軸線上的殿堂地勢亦隨之漸次升高,左右回廊中部及後面通隆國殿部位用斜廊,前後左右回廊可以通行,構成廊屋周匝的廊院式總體佈局形式。

寺內建築多採用明代(或保留明代)漢族建築的形制做法,且各有特點。

(1)

山門。是清代重建的,寬三間,深兩間,單簷歇山頂,中間為大門,兩次間內豎有明永樂敕諭碑和禦制金佛像碑。門外左右設八字磚牆,山門左右的圍牆上還各開一小門,總入口處形成“三門”。

(2)

禦碑亭。在空曠的前院左右各有一座清代重建的禦碑亭,平面正方形,高14米,四面厚牆,中辟歡門;上覆重簷十字脊,造型敦厚別致。碑亭內豎明洪熙、宣德禦碑。

(3)

金剛殿。清代重建,寬三間,是前院通向後院的門道,內左右塑四大金剛像;殿深兩間,單簷懸山頂,前後開歡門和歡窗。

(4)

瞿曇寺殿。位於金剛殿之後的中軸線上,始建於明洪武年間,現存建築為清乾隆時改建。前部有面闊三間、深兩間的抱廈,正殿面闊五間、深三間。平面佈局是中間為佛殿,佛殿兩側及後部是一圈外牆封閉的轉經道,這是典型的藏傳佛教佛殿的佈置形式。

瞿曇寺殿左右各有一尕殿,平面為方形,中有小室,四面出廊,是一座單層歇山式的小建築,這也是藏傳佛寺內佛殿的平面形式,外廊可作轉經道。在此左右小建築前後各有一座喇嘛塔,以應四方之數,同時也很能體現藏傳佛教寺院的特點。

瞿曇寺殿左右兩側回廊的底層是三世佛殿及護法神殿,二層為小鐘樓、小鼓樓,均為重簷歇山頂,使回廊形式為之一變。

(5)

寶光殿。在瞿曇寺殿后面的中軸線上,建于明初。殿建在一個高臺上,前有月臺,面闊及進深各五間。中間為殿堂,四周是外廊。殿左右各有一座平面為方形的單層歇山式小建築,平面佈置也是中間為小室,四面出外廊,外廊也作轉經道。

(6)

隆國殿。在寺院中軸線的最後面,面闊七間,深五間,高16米,重簷廡殿頂。殿建在高2.3米的台基上,殿前有月臺,周環石欄,兩側設踏步上下,這是全寺規模最大、最壯觀的建築。中央是殿堂,四周有外廊,後面的外廊和左右的回廊相通。前簷的明間和次間安裝四抹(扇門,

十分精緻;

上下簷鬥(、檁枋等繪青綠鏇子彩畫,構圖設色都是明代風格。

隆國殿前有寬敞的庭院,在院左右的回廊上建鐘鼓樓,樓面闊三間,深兩間,重簷廡殿頂。底層的兩山和後牆砌厚牆,前簷滿設裝飾;樓層前後簷均設門窗,四周設外廊,可憑欄遠眺。這種在回廊上凸起建築的做法,打破平直長廊的呆板單調,取得外觀活潑有變化的藝術效果。

包圍中軸線上主體殿堂的回廊,也是瞿曇寺建築的重要組成部分,回廊除設置佛殿、出入口外,尚有五十一間,其中有二十八間繪有壁畫,總面積在400平方米以上,內容是佛本生故事,用礦石顏料繪成。從繪畫的技法及風格分析,是分兩次繪成的。早期技法古樸,畫面單調,每段故事標有題目,並附七言贊詩一首;晚期色彩華麗,畫面景物擁擠,總體上畫面層次分明,場面宏大,技巧高超。畫面景物眾多,如日月山川、人物殿宇、車仗用具等等,極富生活氣息。

瞿曇寺從總體到細部多用漢族傳統做法,僅瞿曇寺殿四隅各建一座喇嘛塔,這在其他寺廟內是少見的,利用這四座塔把喇嘛教和寺院聯繫起來,匠心獨運,這是一種極為巧妙的處理手法。

從瞿曇寺的建築說明:由於明王朝的政治需要,喇嘛教在青海東部得以興盛,但早期直接用漢族佛寺作為喇嘛寺廟,甚至連漢族佛寺的鐘鼓樓也一併搬來。以後,隨著時間的推移,兩族建築文化交流逐漸深入,在接近漢族地區的喇嘛教寺院建築才逐漸增加藏族建築的成分。1