聖佑廟是新疆地區留至今日的最大一座喇嘛教建築。廟沿中軸線對稱佈局，有山門、前殿、後殿、正殿、左右配殿、鐘鼓亭等建築，除正殿為兩層重簷、亭為八角重簷外，餘均為硬山作法。正殿建在1米高的臺上，底層七開間，二層五開間，四周圍廊，首層高7米，殿內空間開敞明亮，中間有兩根大柱直通頂部，後牆處有塑像台，殿內前段有兩個樓梯，二層四周圍廊，殿堂四壁設木門、扇，裝修樸素，室內不吊頂，懸掛錦幡旗。

該廟總體佈局近似內地佛教寺廟，但各幢房屋之間無廊相連，屋頂採用西北地方的漢式大屋頂作法，立面造型也作藏傳佛教建築藝術處理。傳說此廟歷史久遠，但從建築風格分析應是清代晚期之作。